По территории Исмаиллы протекают 20 горных рек. Среди них самые большие:
Гейчай (113 км) — река, протекающая по территории Исмаиллы. В районе города Гёйчай разделяется на многочисленные рукава и каналы и широко используется на орошение. Гирдыманчай (88 км) — река, которая берет свое начало на склонах горы Бабадаг (3629,6 м) в Кубинском районе и является левым приток Куры. Агсучай (72 км) — река, берущая начало на склонах горы Бабадаг. Пирсаатчай (202 км) Все вышеназванные реки берут свое начало с севера района Исмаиллы, с Больших Кавказских гор.