В Исмаиллинском районе существуют следующие заповедники:
1. Лахиджский Государственный Культурно-Исторический заповедник. Был объявлен заповедником указом № 508 Совета Министров Азербайджанской ССР от 23 декабря 1980 года. На территории Лахиджа существуют Бадовунская, Аголуйская, Юхари Арагитская, Гаджи Махмудская мечети, бани Аслана, Джанбахыш, Гаджи Молла Гусейн, Гаджи Гахраман, водяная мельница, мост, 71 жилых домов, около 100 исторических памятников.
2. Баскальский Государственный Культурно-Исторический заповедник. Был объявлен заповедником указом № 316 Совета Министров Азербайджанской ССР от 28 июля 1989 года.
3. Исмаиллинский Государственный Природный заповедник. Был объявлен заповедником указом № 256 Совета Министров Азербайджанской ССР от 1 июня 1981 года, в то время площадь составляла 5778 га. По указу Кабинета Министров Азербайджанской Республики от 13 июля 2003 года. площадь заповедника была увеличена до 16740 га. 9600 га территории занимают леса. Охватывает несколько комплексов природных ландшафтов. В заповеднике растет, занесенный в «Красную книгу» дуб, фисташка, граб, различные виды кустарников и др. Также здесь можно встретить занесенных в «Красную книгу» виды рыб, в том числе и форель; косуль, оленей, рысь, горного козла и т.д. Заповедник богат такими видами животных, как волк, дикий кабан, енот, заяц, шакал, лиса и т.д.